Les instances
L'Établissement public du Palais de la Porte Dorée est administré par un Conseil d’administration et s’appuie sur un Conseil d’orientation qui est consulté sur le projet scientifique et culturel, sur l’ensemble des actions et manifestations.
Le Conseil d'administration
L’Établissement public est administré par un Conseil d’administration qui comprend 22 membres. Le Conseil d’administration règle, par ses délibérations, les affaires de l’Établissement.
Le Conseil d'administration est présidé par Mercedes Erra, Présidente exécutive d'Havas Worldwide.
Le Conseil d'orientation
Le Conseil d’orientation de l’Établissement comprend quatre collèges composé 32 membres. Il est consulté notamment sur les projets scientifiques et culturels du Musée national de l'histoire de l'immigration et de l'Aquarium tropical et le programme d'activités de l'Établissement.